מניעה והפחתה של זיהום אוויר, קרקע ומים

זיהום סביבה יכול להיווצר הן במהלך הביצוע והן בשלבי תפעול הכביש ע"י דלקים ושמנים שמקורם בכלי רכב וציוד עבודה, מבלאי צמיגים ומתשטיפי כביש המכילים חומרים מסוכנים העלולים, במקרים מסוימים, לזהם קרקעות או גופי מים עיליים ותת קרקעיים. במסגרת תסקירי השפעה על הסביבה נערכים סקרים הידרו גיאולוגיים על מנת לאבחן ולאפיין את רגישות השטח לזיהום קרקע ומי תהום ואת ההשפעה הצפויה של הכביש השטח.
למניעה והפחתה של זיהום הסביבה ממקורות אלו, ננקטים ע"י החברה מספר אמצעים, כגון שטיפת הכביש בלחץ ושאיבה בו זמנית של הבוצה הרעילה, פעולה המבוצעת באמצעות מכונות ניקוי ייעודיות  לפני הגשם הראשון, ציפוי תעלות ניקוז בבטון למניעת חלחול של תשטיפי הכביש לקרקע ולהרחקת מי נגר מזוהמים משטחים רגישים, שימוש בצמחייה המשמשת כמסנן טבעי למזהמים ועוד.
בשנת 2011 נכנס לתוקפו חוק אויר נקי ונקבעו תקנים חדשים ומחמירים למזהמי אויר.
כחלק מפיתוח המתודולוגיה לתסקירי השפעה ותקינה לזיהום אוויר מכלי רכב ערכה החברה מחקר לעדכון מקדמי הפליטה מכלי הרכב השונים. המחקר הושלם ומקדמי הפליטה החדשים פורסמו על ידי המשרד להגנת הסביבה והם מוטמעים בכל תסקירי ההשפעה על הסביבה.

הגנה מפני רעש תחבורה ומניעתו

רעש תחבורה הנו אחד המפגעים הסביבתיים הקשים והבעייתיים ביותר בכל העולם. בישראל, ההולכת ומצטופפת, כמעט כל דרך המתוכננת להרחבה צפויה להגדיל את מפלסי הרעש ליד בתי מגורים ומבנים רגישים אחרים הנמצאים בסמיכות אליה. לכן, כמדיניות של קבע, נבחנות השפעות אלה באמצעות מומחים לאקוסטיקה מהשורה הראשונה. עשרות אלפי מ"ר של מיגונים אקוסטיים מתוכננים לביצוע בעשרות פרויקטים תחבורתיים המתוכננים היום  על ידי החברה  ואשר במקרים רבים מביאים לשיפור האקלים האקוסטי יחסית למצב טרם הסלילה החדשה.
החברה הלאומית לדרכים משקיעה כסף רב בביצוע ותחזוקה שוטפת של מיגונים אקוסטיים מסוגים שונים:

• קירות מחזירי רעש (קירות שקופים או אלה העשויים מבטון, בלוקים דקורטיביים)
• קירות בולעי רעש (העשויים מבטון מצופה בפנלים בולעי רעש, מאלומיניום מחורר,מבטון-עץ או "קירות ירוקים" מודולאריים וכד')
• סוללות עפר מגוננות
• אספלט שקט היכול להפחית את רעש הכביש בשיעור של 3-5 דציבלים, בעיקר בתחום התדירויות שאוזן האדם רגישה להן והגורמות לעיקר ההפרעה האקוסטית. עקב מבנהו המיוחד, לאספלט השקט גם תכונות מצוינות בניקוז מי נגר, מניעת החלקה על כביש רטוב ומניעת התזת טיפות גשם ע"י הצמיג. 
• מיגון דירתי